미국 범죄 소설가인 콘웰은 크루즈가 자신의 종교인 사이언톨로지(Scientology)에 대해 공공연하게 대중 앞에서 언급하는 것으로 인해 문제가 발생할 수 있다는 점을 지적하였다. 그 예로, 만약 그의 젊은 팬들이 그의 충고를 받아들여 약물 치료를 거절하게 되는 경우 생겨나는 문제에 대해 심각한 우려를 표명하였다. 사이언톨로지는 정신적 문제는 상상에 의한 것이고 정신적 치료 만이 사람들을 치료할 수 있다는 교리를 가지고 있다.
콘웰의 말에 의하면 “톰 크루즈와 같이 사이언톨로지를 신봉하는 사람들이 말하는 화학적 불균형이나 정신병에 대한 아무런 증거가 없다는 주장은 심리학에 대해 잘 못된 개념을 가지고 있기 때문이다. 그리고 이로 인해 헐리웃의 유명 배우를 따르는 많은 10대들이 그를 따라 자신의 병을 치료하기 위한 약물 치료를 거부하기로 결정하게 된다면 사태가 심각해 질 수 있지 않겠느냐?” 며 뼈있는 말을 던졌다고.
톰 크루즈는 얼마전 9ㆍ11 테러 진화에 투입된 후 호흡기 질환에 시달리는 소방관들로부터 약물치료 대신 사우나 요법과 쿠킹 오일, 니코틴으로 치료를 받아야 주장해 비난을 받기도 했다.