해체 위기에 몰린 유이노 남고 수영부. 부원은 수영대회 출전해서 여덟 명 중 8등을 하는 3학년 스즈키 단 한 명뿐이다. 그러던 어느 날 미모의 여교사 사쿠마 선생이 수영부를 맡게되고, 수영부에는 단번에 서른 명의 지원자가 몰려든다. 그러나 그녀의 전공은 수영이 아닌 수중발레. 남학교에서도 수중발레가 가능할거라 믿는 사쿠마 선생의 의욕적인 설명에 대부분의 학생들은 기겁하며 도망치고, 스즈키를 포함한 5명만이 얼떨결에 수영부에 남는다.
구제불능 5총사, 아무도 그들에게 기대를 걸지 않았다.
수영실력은 변변치 않지만 수중발레의 매력에 반해버린 스즈키, 농구부에서 왕따 당해 수영부로 들어온 사토, 깡마른 몸을 근육질로 만드는 게 꿈인 오타, 맥주병에 공부벌레인 가나자와, 여자 같은 사오토메. 이들 다섯 명이 모인 수중발레 팀 워터보이즈는 학교와 친구들의 놀림 속에서 그들도 무언가 할 수 있다는 걸 보여주기 위해 어려운 결정을 내린다.
그러나 우리는 해낼 것이다. 꼭! 반드시!! 기필코!!!
그러나... 알고 보니 유부녀였던 사쿠마 선생이 임신으로 학교를 쉬게 되고, 맘먹고 수중발레를 해보려했던 워터보이즈는 위기에 봉착한다. 그리하여 이들이 찾아낸 스승 대타는 바로 돌고래 조련사. 여름방학과 함께 본격적인 훈련에 들어간 워터보이즈! 고3 마지막 여름방학을 노력으로 불태운 이들은, 과연 무사히 학교 축제에서 수중발레 쇼를 선보일 수 있을까?
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