시골에서 아빠와 단둘이 살고 있는 ‘에밀’ 아빠는 어렵사리 직장을 구했지만 교통사고로 병원 신세가 되고 갈 곳 없는 에밀은 선생님의 권유로 도시로 향하는 기차에 오르게 된다. 기차안에서 에밀은 막스라는 악당에게 아빠에게 특별한 선물을 위해 아껴온 돈을 몽땅 털리고 다시 자신의 돈을 찾기 위해 어렵사리 막스의 뒤를 쫓기 시작한다.
기다려요 도둑아저씨! 작전명은 ‘에밀!’
막스의 뒤를 쫓다가 만난 도시 아이들 포니와 친구들은 에밀의 사정을 듣고 돈을 다시찾고 악당을 혼내주는 [에밀]이라는 작전을 수립한다. 막스가 투숙한 호텔에 잠입하는데 성공한 에밀. 거기서 그는 막스가 단순한 도둑이 아닌 호텔에서 귀중품을 훔치는 현상수배범임을 알게 되고 그가 호텔에서 훔친 귀금속을 입수하게 된다. 그러나 에밀의 행적을 뒤쫓은 악당 막스는 포니를 납치하는데 성공하고 에밀이 가진 귀중품과 포니를 교환하자는 피할 수 없는 제안을 하는데… 게다가 병원에 입원한 아빠 역시 에밀이 아직 새로운 거처에 도착하지 않음을 알게 되어 일은 점점 꼬여만 가는데……
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